Համաձայն ՀՀ գլխավոր դատախազի 2013թ. նոյեմբերի 4-ի թիվ 75 հրամանի, ՀՀ գլխավոր դատախազությունը կազմված է հետևյալ վարչություններից և բաժիններից`

1. Վարչություններ
1) Հատկապես կարևոր գործերով քննության վարչություն,
2) Հետաքննության և նախաքննության օրինականության նկատմամբ հսկողության վարչություն,
3) Մեղադրանքի պաշտպանության և դատական ակտերի բողոքարկման վարչություն,
4) ՀՀ ազգային անվտանգության մարմիններում քննվող և կիբերհանցագործությունների գործերով վարչություն,
5) Պետական շահերի պաշտպանության վարչություն,
6) Պատիժների և հարկադրանքի այլ միջոցների կիրառման օրինականության նկատմամբ հսկողության վարչություն,
7) Կոռուպցիոն և տնտեսական գործունեության դեմ ուղղված հանցագործությունների գործերով վարչություն,
8) Վերահսկողական-տեսչական վարչություն:

2. Բաժիններ
1)Թմրամիջոցների ապօրինի շրջանառության հանցագործությունների գործերով բաժին,
2) Իրավական ապահովման և եվրաինտեգրման բաժին,
2) Միջազգային-իրավական կապերի բաժին:

ՀՀ Զինվորական կենտրոնական դատախազությունը կազմված է հետևյալ բաժիններից`
1)Քրեական հետապնդման ոլորտում կայազորների զինվորական դատախազությունների գործունեությունը վերահսկող բաժին,
2) ՀՀ պաշտպանության նախարարության քննչական ծառայության հատկապես կարևոր գործերի քննչական բաժնում քննվող գործերի բաժին,
3) Պետական շահերի պաշտպանության բաժին:

ՀՀ գլխավոր դատախազի հրամանով փոփոխություններ են կատարվել նաև Հայաստանի Հանրապետության դատախազության աշխատակազմի կենտրոնական մարմնի կառուցվածքում` ստեղծվել են նոր կառուցվածքային ստորաբաժանումներ`
1) Կազմակերպամեթոդական բաժին
2)Անձնակազմի կառավարման բաժին,
3)Քաղաքացիների ընդունելության և դիմումների քննարկման բաժին: